El 28 de julio del 2001, fecha en que se cumplieron los 178 años de la fundación del Museo Nacional de Colombia, la entonces directora, Elvira Cuervo de Jaramillo, hizo entrega de las obras del Proyecto de Restauración Integral del Edificio que comenzaron hace doce años.

Ese día se abrieron al público la totalidad de sus salas de exposición permanente totalmente renovadas:
17 espacios en los cuales están exhibidos, aproximadamente 2.500 objetos pertenecientes a sus colecciones de arte, historia, etnografía y arqueología.

Para la restauración, el Museo Nacional realizó un profundo análisis de su vocación y su misión que lo llevó a formular la 'reprogramación y diseño del Museo Nacional', mediante la cual se estableció un claro programa museológico y museográfico a seguir.

De esta forma, el Museo Nacional de Colombia se dio a la tarea de mejorar su sede, replantear su misión y diseñar una museografía de alta tecnología, acorde con las necesidades del público.

Salas de exposición permanente
Primer piso	Segundo piso	Tercer piso